亮發光桿菌篩選的手段必需配合不同篩選階段的要求，對于初篩，要力求快速、簡便，對于復篩，應該做到，測得的數據要能夠反映將來的水平。
有時，有些菌體的形態變異與產量的變異存在著一定的相關性，這就能很容易地將變異菌株篩選出來。盡管相當多的突變菌株并不存在這種相關性，但是在篩選工作中應盡可能捕捉、利用這些直接的形態特征性變化。當然，亮發光桿菌這種鑒別方法只能用于初篩。有人曾統計過3,484個產維生素B2的阿舒假囊酵母(Eremothecium ashbyii)的變異菌落，發現高產菌株的菌落形態有以下特點：菌落直徑呈中等大小（8-10毫米），凡過大或過小者均為低產菌株；色澤深黃色，凡淺黃或白色者皆屬低產菌株。又如，在灰黃霉素產生菌蕁麻青霉(Penicillium urticae)的育種中，曾發現菌落的棕紅色變深者往往產量有所提高，而在赤霉素菌藤倉赤霉（Gibberella fujikuroi）中，卻發現菌落的紫色加深者產量反而下降。
平皿快速檢測法是利用菌體在特定固體培養基平板上的生理生化反應，將肉眼觀察不到的產量性狀轉化成可見的"形態"變化。具體的有紙片培養顯色法、變色圈法、透明圈法、生長圈法和抑制圈法等,這些方法較粗放，一般只能定性或半定量用，常只用于初篩，但它們可以大大提高篩選的效率。它的缺點是由于培養平皿上種種條件與搖瓶培養，尤其是發酵罐深層液體培養時的條件有很大的差別，有時會造成兩者的結果不一致。平皿快速檢測法操作時應將培養的菌體充分分散，形成單菌落，
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